Głównym celem jest walka z wykluczeniem komunikacyjnym oraz budowa i odbudowa linii kolejowych do mniejszych miejscowości. Kolej Plus to pierwszy program zakładający współpracę rządu i samorządów terytorialnych przy budowie i modernizacji infrastruktury kolejowej. Przewiduje ponadto bezpłatne przekazywanie linii kolejowych samorządom. Na jego realizację rząd zaplanował 6,6 mld zł do 2028 r.
Przywracanie infrastruktury kolejowej
Tereny kolejowe, które są niewykorzystywane, zostaną przywrócone do ponownego użytku na cele transportowe.Możliwe będzie przekazywanie linii kolejowych do nieodpłatnego korzystania przez samorządy. Ograniczona zostanie likwidacja linii kolejowych. Będzie to możliwe pod warunkiem uzyskania zgody ministra infrastruktury. Ministerstwo i samorządy spodziewają się, że efektem będzie przywrócenie ponownego eksploatowania infrastruktury kolejowej na terenach pozbawionych infrastruktury kolejowej (nieczynnej lub zlikwidowanej).
Wsparcie przewozów międzywojewódzkich
Resort zlikwidował uciążliwe ograniczenie, zabraniające samorządom tworzenie połączeń poza grancie województw. Wojewódzkie przewozy pasażerskie zostaną wsparte za granicą województwa, co oznacza, że będą mogły realizować przewozy kolejowe dalej niż do najbliższej stacji za granicą województwa – przyczyni się to do poprawy komunikacji na terenach pozbawionych obecnie dogodnych połączeń kolejowych.
Rozwiązanie przeznaczone jest przede wszystkim dla organizatorów publicznego transportu zbiorowego (marszałków województw), którzy chcieliby realizować takie połączenia bez potrzeby osobnego zawierania porozumienia między województwami.
Możliwe będzie przeznaczanie środków Funduszu Kolejowego na finansowanie lub współfinansowanie przez województwa zadań dotyczących zakupu, modernizacji oraz napraw pojazdów kolejowych przeznaczonych do przewozów pasażerskich wykonywanych na podstawie umowy o świadczenie usług publicznych. Dodatkowo, możliwe będzie wykorzystanie środków niewykorzystanych przez województwa w danym roku budżetowym – na realizację zadań w latach następnych.